西安医学院药物研究所是我校首个设立的研究机构，在所长秦蓓教授带领下先后获批“省级优势学科”、“西安市重点实验室”及“西安市国际科技合作基地”。研究所现有药物活性分子的设计开发、药物分析与活性评价、药物新剂型与新技术的设计开发、天然活性成分的研究等科研方向，设立了药物化学合成创新平台、药物筛选与评价创新平台、药物分析测试创新平台、药物制剂实训创新平台。在优先满足教学工作的同时全力开展科学研究，以满足本科生及研究生人才培养的需求。

近年来获批陕西高校青年创新团队2个、校级科技创新团队2个 、陕西省普通高校青年杰出人才3人、陕西省科技新星1人，未央学术技术带头人1人；先后获批国家自然科学基金、陕西省重点研发计划产业创新链（群）项目等各类各级科研课题100余项；带领团队共同推进产学研协同，提升医药科技创新能力，横向联合课题达20余项，加快成果转化步伐；研究成果发表科研论文300余篇；荣获陕西省科学技术奖二等奖1项、陕西省高等学校科学技术奖一等奖1项、二等奖4项、陕西省科技工作者创新创业大赛银奖3项、铜奖6项等奖项；授权国家发明专利38项，实用新型专利18项，其中已转让5项。

药物研究所依托重点实验室和省级优势学科已开展本科生及联合培养药学专业硕士研究生，取得了中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛陕西赛区省级复赛金奖1项，银奖5项，铜奖3项；全国实验技能大赛特等奖1项，一等奖1项等佳绩。

未来将继续深入开展产学研合作，推动科研成果市场化，推动建立以企业为主体、市场为导向，产学研深度融合的技术创新体系。