西安医学院药物研究所（以下简称“药研所”）是学校2009年6月设立的首个校级科研机构。开展药物活性分子的设计开发、药物分析与活性评价、药物新剂型与新技术的设计开发、天然活性成分研究等科研方向，在优先满足药学、中药学、药学ICC、市场营销等专业教学工作的同时全力开展科学研究，以满足本科生及研究生人才培养的需求。药研所实行所长负责制。创始所长为秦蓓教授。2009年06月-至今，秦蓓任药物研究所所长。

药研所成立时、立足实现学校科研突破，实行院所合一，所长由时任药学院首任院长秦蓓担任。药研所紧扣医工结合发展趋势，服务学校交叉学科建设，立足重大医药产业需求与科技前沿，注重成果转化。在师资队伍建设、人才队伍培育、科研平台建设、科研成果产出、人文建设与科研育人等方面，逐步形成了特色鲜明、优势突出的医学科研与人才培养基地。药研所结合医工交叉继续深入开展产学研合作，推动科研成果市场化，建立以企业为主体、市场为导向，产学研深度融合的技术创新体系，形成了以新药创制、医药生物材料、有机光伏器件、医用柔性传感可穿戴设备等特色鲜明的交叉科研方向。

近年来先后获批陕西省三秦人才、陕西省重点学科带头人、陕西高校青年创新团队、校级科技创新团队、陕西省普通高校青年杰出人才、陕西省科技新星等10余人。

药研所依托重点实验室和省级优势学科平台开展了系统的理论知识学习、实践技能训练、综合设计性实验、毕业论文答辩等环节，获批省级教育教学质量工程9项。指导学生参加大学生创新训练计划项目、学科竞赛、中国国际大学生创新大赛等竞赛，荣获中国国际大学生创新大赛省级金奖、银奖、铜奖共计30余项。全国药学/中药学类专业实验技能大赛中，获特等奖1项、一等奖1项、二等奖2项。药研所与成都医学院药物研究所多年科技合作基础上，学校于2018年与成都医学院签订联合培养药学硕士专业研究生协议，并聘请秦蓓为成都医学院药学硕士专业研究生导师，于2020年开始招收研究生，现已培养10名药学硕士研究生，开启学校药学学科研究生教育的开端。助力学校2024年获批中药硕士专业学位授权点。

药物研究所所徽彰显人文精神，其核心在于“人本关怀”与“科研探索”的融合。

核心图形：中间的主体图案形似两个张开双臂的人在托举，象征着研究所对生命与健康的守护，以及科研人员对科学事业的奉献与支撑。双人造型也暗喻团队合作，强调药物研发需要学科交叉与协同攻关。

菱形方块：代表药物分子结构或科研结晶等，象征着研究所专注于药物发现、化学合成与药理学研究，致力于产出扎实的科研成果。位于上方寓意探索未知、追求卓越，将科学发现提升到新的高度。

色彩与构型：绿色主色调是医学、药学领域的标志色，代表生命、健康、希望与安全，契合药物研究的使命。圆环闭合外圈的圆环象征着机构的完整性与专业性，也寓意研究工作的严谨与闭环。